Pemerintah Daerah sepakat melanjutkan kerjasama operasional KSO dengan PT. Merpati Nusantara terhadap pengoperasian Armada Pesawat milik Pemda Merauke. Bupati Merauke Romanus Mbaraka menjelaskan meskipun kerjasama tetap dibangun kedua pihak, namun sejumlah point penting harus menjadi perhatian bersama dan harus mendapat tindakan penyelesaian yang jelas.
Sejumlah kegiatan kerjasama yang mendapat penekanan pada evaluasi KSO itu meliputi penataan kembali manajemen termasuk Sistem monitoring evaluasi pada bagasi dan kargo dengan sitem yang transparan sehingga tidak menimbulkan kecurigaan. Selain itu tegas Bupati Romanus Mbaraka prioritas pelayanan untuk masyarakat Merauke harus dikedepankan, sehingga tidak hanya selalu menjadi slogan, tetapi masyarakat Merauke mendapat pelayanan yang baik sehingga tidak boleh lagi ada penumpang asal Merauke yang dibiarkan terlantar menunggu berjam-jam dipelabuhan Transit karena pesawat milik masyarakat Merauke dialihkan ke daerah lain seperti terjadi selama ini.
Terhadap system bagi hasil yang selama ini prosentasi untuk PT. Merpati sebesar 90,5% sedangkan Pemda 9,5% jelas Bupati Romanus Mbaraka pola itu tidak lagi digunakan, namun kedua pihak secara transparan akan menghitung keuntungan dan pembagiannya akan dilakukan secara rasional dan obyektif dimana pemilik asset harus mendapat keuntungan yang jelas.